İkinci Dünya Savaşı’nda Japon ve Nazi şifrelerini kırarak savaşın rüzgarını döndüren dünyanın en ünlü şifrecileri bile Voynich Yazması karşısında yenilgiye uğradılar. Uzmanlar, belgede tekrarlanan semboller olduğunu belirtiyor, bunun da cümle ve kelime grupları anlamına geldiğini iddia ediyorlardı.
Ancak her türlü şifreleme sistemi denenmesine rağmen, 408 yılında Nostradamus benzeri bir bilimadamı-rahip tarafından kodlanarak kaleme alındığı sanılan belge bir türlü deşifre edilemedi. Uzmanlar, belgenin içindeki bitki resimlerine bakarak bunun doğal ilaç formülleri içeren bir el kitabı olduğunu ileri sürdüler.
Belgenin içinde tekrarlanan sembollerin, “Tanrı korkusu” ve “Ölümsüzlük” anlamına geldiğini ileri süren şifre çözücüler ise formülleri deşifre etmeleri durumunda “ölümsüzlük iksiri” elde edebileceklerini düşünmektedirler.
Japon savaş kodlarını çökerten Amerikalı şifreci William Friedman tarafından oluşturulan takını, aylar süren çabasının sonunda belgeyi, “Çözülemez” olarak nitelendirdi. 2001’de şifre çözmekte uzman bilgisayarlarla yapılan çalışmalar da sonuçsuz kaldı.